Grad Students | Beatriz Díez Lab

Felipe Loyola

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

MSc. Student

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Trabajamos en la búsqueda de nueva información sobre la estructura, diversidad y actividad de las comunidades virales presentes en ambientes termales, utilizando como modelo de estudio los tapetes microbianos presentes en los géiseres de El Tatio (Chile). Esto se logra mediante análisis meta-ómicos que nos permiten dilucidar las comunidades de fagos presentes y cómo pueden variar según los factores abióticos y distancia geográfica, para finalmente ayudar a comprender de qué manera pueden estar modulando estos microambientes.

Además, se analizan termas de otras partes del mundo (Estados unidos, China, Canadá, entre otros) que presenten condiciones abióticas similares y así comparar la abundancia y diversidad que presentan estas comunidades de microorganismos a lo largo del mundo.

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Felipe Sepúlveda

Sat, 16 Oct 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Diego Beecher

Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi línea de investigación se enfoca en la ecología de los ambientes marinos, principalmente en el fitoplancton y los factores bióticos que modulan sus eventos de floraciones algales nocivas (FAN). Las FAN tienen un impacto en la dinámica de las tramas tróficas oceánicas y en los ciclos biogeoquímicos. Se ha descrito una expansión geográfica de los eventos FAN desde la Patagonia hacia el norte de Chile y se ha intentado revelar el rol que cumplen los virus en estos eventos. Mediante análisis metagenómicos, metavirómicos y metatranscriptómicos se pretende identificar a las comunidades virales y fitoplanctónicas, sus interacciones y posibles infecciones en ambientes de la Patagonia y Antártica de Chile.

Interests

Marine Chemical Ecology
Marine Biochemistry
Marine Microbiology
Viral Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

dfbeecher@gmail.com

Javier Tamayo-Leiva

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi línea de investigación se enfoca en la ecología de los elementos genéticos móviles en comunidades microbianas marinas. Particularmente el estudio de plásmidos y elementos integrativos. El estudio de las secuencias genéticas móviles y sus características aporta comprender patrones de estas secuencias en ambientes con altas dispersión, como lo son los sistemas marinos.

En el sistema marino las comunidades bacterianas se enfrentan a un sistema altamente dinámico donde existe una interacción activa entre los microorganismos que la componen y el entorno. Las variaciones del sistema marino pueden por ejemplo producirse por cambios en la climatología de cada región geográfica donde hay cambios periódicos asociados a variaciones estacionales, o al efecto de la contaminación asociada a la actividad humana. Frente a estos cambios, los microorganismos de la comunidad marina pueden experimenta cambios a nivel genómico, para adaptarse a nuevas condiciones ambientales.

Los microorganismos han adquirido diversos mecanismos adaptativos a nuevos ambientes, siendo estos procesos un foco importante de estudio en la actualidad. Una posible explicación a la obtención de estos mecanismos que favorecen la adaptación y/o especiación, es la transferencia horizontal de genes o HGT por su sigla en inglés, los cuales se ven favorecidos por todo el conjunto de elementos genéticos móviles o MGE por su sigla en inglés, dentro de los que se encuentran, por ejemplo, plásmidos, Islas Genómicas y transposones. La importancia del estudio de estos procesos en ambientes marinos radica en alta dispersión a los cuales los microorganismos están expuestos en estos ambientes, favoreciendo eventos de transferencia génica que ven favorecidos por una gran dispersión geográfica en ambientes marinos. Todo el conjunto de MGE y en particular las secuencias de DNA plasmidial, han ido tomando relevancia en los últimos años, tanto como para hablar de “Metamoviloma”, “Moviloma” o “Plasmidoma”, debido a la importancia que estos elementos tienen en procesos adaptativos de las comunidades microbianas, como también en la dispersión de genes relacionados con resistencias a antibióticos, metales pesados y otros compuestos tóxicos, generando también impacto directo sobre la salud humana.

Interests

Microbial Ecology
Computational Biology
Data Analytics
Data Sciences

Education

MSc. en Biotecnología, 2016

Universidad Andrés Bello, Chile

Ingeniería en Biotecnología, 2014

Universidad Andrés Bello, Chile

Contact

jatamayo@uc.cl

Jerónimo Cifuentes-Anticevic

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

Scientific Collaborator

About

I’m a Biochemist working in Marine Microbiology.
I describe myself as a self-taught Bioinformatician with experience in Molecular Biology, that also enjoys going out sampling. My main scientific interest is to combine bioinformatic sequence analysis to determine novel microbial capabilities, with a wet lab approach to test these hypotheses. During my MSc thesis, I worked on the description of proteorhodopsins-bearing bacteria in Antarctic coastal waters, and now I’m interested in the diversity and distribution of type-1 rhodopsins in polar marine environments. I’m also working on the discovery of novel enzymes that degrade PET, a widely used plastic that accumulates as waste at similar rates to its production. The nitrogen cycle in Antarctic coastal waters is still an understudied area, and together with María E. Alcamán-Arias, we are evaluating the nitrification and nitrogen fixation processes, combining molecular biology, meta-omics and stable isotope techniques.

Interests

Photoheterotrophy
Nitrogen cycle
Protein annotation
Phylogenetics
Chemosynthetic symbioses

Education

MSc. Biochemistry, 2019

Universidad de Chile, Chile

BSc. Biochemistry, 2016

Universidad de Chile, Chile

Contact

jeronimo.cifuentes@ug.uchile.cl

Marianne Buscaglia

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Marianne en el marco de su tesis doctoral está estudiando las comunidades virales de aguas marinas Antárticas (Península Antártica Occidental) y Subantárticas (Patagonia Chilena), con especial enfásis en aquellos virus que infectan al fitoplancton. Esto, debido a que es relevante conocer el conjunto de factores que controlan la abundancia del fitoplancton en estas aguas australes, siendo los factores bióticos como los virus y sus asociaciones con hospederos fitoplanctónicos muy poco explorados. La evidencia sugiere que los virus gigantes podrían ser potenciales agentes de infección del fitoplancton, no obstante, existe escasa información acerca de ellos en ambos sistemas australes. Por ello, en esta tesis doctoral se pretende profundizar en el conocimiento sobre dichas comunidades virales respondiendo preguntas como ¿cuál es la identidad y diversidad de los virus gigantes de aguas marinas Antárticas (PAO) y Subantárticas (PCh)? ¿Cuáles son los potenciales hospederos de estos virus gigantes en estas aguas australes? ¿Son las comunidades de virus gigantes de aguas marinas Antárticas (PAO) únicas, o comparten ciertas características de las del Subantártico (PCh)? ¿Han desarrollado los virus gigantes de ambos sistemas australes estrategias de adaptación a bajas temperaturas, o sólo los que habitan aguas Antárticas?

Interests

Environmental Virology
Ecology of Extreme Systems
Computational Biology

Education

MSc. en Bioquímica, 2013

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2013

Universidad de Chile, Chile

Contact

buscaglia.m@gmail.com

Natali Zamora Bugueño

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi quehacer dentro del laboratorio es que, a través de mi tesis doctoral, se logre determinar y evaluar los efectos del cambio climático sobre la diversidad taxonómica y funcional de las comunidades procariotas presentes en suelos desérticos de todo el mundo a lo largo de una gradiente de temperatura y de aridez. La idea del estudio de las gradientes es emular los posibles escenarios en que se encontraran nuestros suelos en unos años más, debido a los drásticos cambios del clima y la temperatura. Es por esto, que mi investigación ayudará a predecir cómo será el efecto de la temperatura en los próximos años producto del calentamiento global en las comunidades y su función en los ciclos biogeoquímicos de suelos desérticos ya previamente afectados por la aridez y nos permitirá identificar biomarcadores que pudiesen ayudar a predecir cambios la aridez de un suelo producto del cambio climático.
Este estudio se lleva a cabo a partir del análisis de metagenomas extraídos desde las bases de datos públicos de estudios de composición de la estructura microbiana de suelos de desiertos con disponibilidad de la metadata de las condiciones ambientales y climáticas, que serán ordenados en una escala de aridez y una gradiente de temperatura, a los cuales se realizará asignación taxonómica por herramientas bioinformáticas y diferentes análisis de índices de diversidad α y β, mediante el uso de software estadísticos como Rstudio. Además, dentro de mi investigación, realizará el estudio de la diversidad funcional mediante ensambles y co-ensamblajes de metagenomas y adicionalmente, con la ayuda de software bioinformáticos, se realizarán análisis de ensamble de genomas desde los metagenomas (MAGs) de los grupos microbianos más representativos. Por otra parte, para analizar y comparar los diferentes ciclos metabólicos de cada uno de los desiertos y se analizará también el tamaño del genoma y porcentaje de GC dentro del genoma dentro de los organismos procariontes, se determinará la relación bacteria – arquea, y se analizarán las enzimas activas de carbohidratos (“CAZymes”) presentes en condiciones extremas, a partir de la anotación de las secuencias CDS a través del uso de la herramienta dbCAN2.
Finalmente, con el fin de determinar los efectos de la temperatura y la desecación a corto y largo plazo sobre las comunidades de bacterias y arqueas presentes en suelos, se montarán experimentos de microcosmos para analizar diversidad funcional y taxonómica a partir de las técnicas mencionadas anteriormente. Desde el desierto de Atacama (Chile) se extraerán muestras suelos con diferentes niveles de aridez. Dichas muestras serán sometidas a diferentes temperaturas bajo estrés hídrico, para simular eventos de desecación, en un rango de tiempo de dos semanas.

Interests

Microbial Ecology.
Extremophilic bacteria.
Bacterial communities of desert soils.
Data Sciences.
Statistics Software.

Education

MSc.(C) Estadística, 2021

Universidad de Valparaíso, Chile

Bioquímica, 2016

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile

Contact

natali.zamora@gmail.com

Oscar Salgado

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

I work with viruses and CRISPR-Cas systems of environmental bacteria. Specifically to understand the diversity of host-pathogen relationship in thermal environments through meta-analysis from hot springs from the world and, also, using El Tatio geyser field as a model system.

Interests

Virology
Microbiology
CRISPR-Cas systems

Education

PhD Genética Molecular y Microbiología, 2021

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Licenciatura en Educación en Biología, 2011

Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación, Chile

Contact

olsalgado@uc.cl

Pablo Vergara

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi nombre es Pablo, soy bioquímico y Ph.D(c) en genética molecular y microbiología. A lo largo de mi carrera me he especializado en la biología molecular de organismos fotosintéticos, habiendo trabajado con Arabidopsis thaliana a los inicios de mi carrera, para luego desarrollar mi tesis en la cianobacteria termotolerante Fischerella thermalis y sus procesos fotosintéticos. Recientemente., también he colaborado en la investigación de líquenes y musgos antárticos. Mi investigación se centra en comprender como el metabolismo de F. thermalis se ha adaptado para permitir la actividad fotosintética a altas temperaturas. Para ello, he optado por un enfoque múltiple, realizando estudios moleculares, fisiológicos y bioinformáticos para obtener una visión amplia de este proceso. En lo personal, me aburre abordar los problemas científicos siempre desde la misma perspectiva y busco nuevas formas de afrontar mi investigación, lo que me ha llevado a aprender distintas técnicas y habilidades que van del qPCR y análisis de secuenciación masiva, técnicas para el análisis fisiológico de la fotosíntesis e incluso el uso de plataformas abiertas como Arduino. Pretendo abordar mis interrogantes científicas de una forma multidisciplinaria.

Interests

Photophysiology
Molecular biology of primary producers
Computational biology
DIY Biology/Open-Source equipment

Education

MSc. Bioquímica, 2017

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Bioquímica, 2015

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Contact

pablo.vb@live.cl