Current Members | Beatriz Díez Lab

Beatriz Díez Moreno

Tue, 18 May 2021 00:00:00 +0000

Principal Investigator
Associate Professor
P. Universidad Católica de Chile.

About

Spanish biologist Beatriz Díez, a specialist in microbial ecology who studies microorganisms in extremophilic environments, decided to work in Chile for two reasons: first, the country itself offers an amalgam of extreme climatic, geographic, and biochemical conditions; and second, because for her, the scant knowledge of how microbiota ecosystems adapt and survive here needs to be expanded and considered part of the World Heritage.

Her research focuses on environmental microbiology that arises in polar systems and in cold and/or very warm thermal alpine systems, such as those located in the Atacama, the world’s most arid desert, in some of the country’s 80 active volcanoes, and in the ancient glaciers of Antarctica and the subantarctic. Because of this, Díez and her team have devoted themselves to obtaining new information about microorganisms that live under extreme conditions, recording their adaptations, diversity, function, biogeography, and relations with their environment, including with other organisms in the same place, as well as their potential applications.

While the discovery and study of extremophiles contributes to the investigation of extraterrestrial life, this kind of research can also be used to improve processes in the mining, wine, food, cosmetics, and other industries that use cold or heat chains in their processes or involve exposure to extreme climatic conditions.

“Any microorganism capable of living in an extremophile system has enzymes and adaptive survival strategies that are different from those that can be found in less adverse environments, so this kind of knowledge should be highly valued for assessing and improving industrial processes conducted at high or low temperatures or in very acidic or alkaline contexts,” affirms the microbial ecologist.

This research could also be applied to studies linked to climate change, given that extremophilic organisms have already developed adaptations to extreme temperatures. Today, Beatriz Díez is convinced that understanding how survival is possible under these kinds of conditions will help to characterize the biochemistry that defines the limits of cellular life, and in turn illuminate what could happen in an environment that may not be extremophilic today, but with the effects of climate change, could become so tomorrow.

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Interests

Microbial Ecology
Microbial Evolution
Environmental Virology
Global Scientific Networks

Education

PhD Ciéncias Biológicas, 2001

Universidad Autónoma de Barcelona, España

Licenciada en Biología, 1994

Universidad de Alicante, España

Contact

bdiez@bio.puc.cl

Felipe Loyola

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

MSc. Student

About

Trabajamos en la búsqueda de nueva información sobre la estructura, diversidad y actividad de las comunidades virales presentes en ambientes termales, utilizando como modelo de estudio los tapetes microbianos presentes en los géiseres de El Tatio (Chile). Esto se logra mediante análisis meta-ómicos que nos permiten dilucidar las comunidades de fagos presentes y cómo pueden variar según los factores abióticos y distancia geográfica, para finalmente ayudar a comprender de qué manera pueden estar modulando estos microambientes.

Además, se analizan termas de otras partes del mundo (Estados unidos, China, Canadá, entre otros) que presenten condiciones abióticas similares y así comparar la abundancia y diversidad que presentan estas comunidades de microorganismos a lo largo del mundo.

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Felipe Sepúlveda

Sat, 16 Oct 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Sebastián Astorga

Tue, 01 Mar 2022 00:00:00 +0000

Undergraduate

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Camila Toledo

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

Undergraduate

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Diego Beecher

Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi línea de investigación se enfoca en la ecología de los ambientes marinos, principalmente en el fitoplancton y los factores bióticos que modulan sus eventos de floraciones algales nocivas (FAN). Las FAN tienen un impacto en la dinámica de las tramas tróficas oceánicas y en los ciclos biogeoquímicos. Se ha descrito una expansión geográfica de los eventos FAN desde la Patagonia hacia el norte de Chile y se ha intentado revelar el rol que cumplen los virus en estos eventos. Mediante análisis metagenómicos, metavirómicos y metatranscriptómicos se pretende identificar a las comunidades virales y fitoplanctónicas, sus interacciones y posibles infecciones en ambientes de la Patagonia y Antártica de Chile.

Interests

Marine Chemical Ecology
Marine Biochemistry
Marine Microbiology
Viral Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

dfbeecher@gmail.com

Roberto Valdés

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

Undergraduate

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Francisco Issotta

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

Posdoc

About

Interests

Bioinformatics
Environmental Microbiology
Microbial Ecology

Education

MSc. Bioquímica, 2022

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2020

Universidad de Chile, Chile

Contact

felipe.loyola@ug.uchile.cl

Johanna Saldias

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

Lab Manager

About

Profesional con 8 años de experiencia en investigación científica en las áreas de virología, neurociencias, ecología y toxicología ambiental. Gran capacidad para trabajar en ambientes colaborativos de alto desempeño. Predisposición y capacidades para la implementación de nuevas técnicas requeridas para la obtención de resultados a través del auto-aprendizaje. Durante su carrera ha trabajado de manera estrecha con alumnos de pregrado, posgrado y profesionales del área científica implementando técnicas y resolviendo problemas diversos.

Interests

Microbiology
Virology
Experimental Lab
Molecular Biology
Biotechnology

Education

Biotecnología Industrial, 2012

INACAP, Chile

Contact

johanna.saldiasr@gmail.com
Johanna Saldias

Marianne Buscaglia

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

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Marianne en el marco de su tesis doctoral está estudiando las comunidades virales de aguas marinas Antárticas (Península Antártica Occidental) y Subantárticas (Patagonia Chilena), con especial enfásis en aquellos virus que infectan al fitoplancton. Esto, debido a que es relevante conocer el conjunto de factores que controlan la abundancia del fitoplancton en estas aguas australes, siendo los factores bióticos como los virus y sus asociaciones con hospederos fitoplanctónicos muy poco explorados. La evidencia sugiere que los virus gigantes podrían ser potenciales agentes de infección del fitoplancton, no obstante, existe escasa información acerca de ellos en ambos sistemas australes. Por ello, en esta tesis doctoral se pretende profundizar en el conocimiento sobre dichas comunidades virales respondiendo preguntas como ¿cuál es la identidad y diversidad de los virus gigantes de aguas marinas Antárticas (PAO) y Subantárticas (PCh)? ¿Cuáles son los potenciales hospederos de estos virus gigantes en estas aguas australes? ¿Son las comunidades de virus gigantes de aguas marinas Antárticas (PAO) únicas, o comparten ciertas características de las del Subantártico (PCh)? ¿Han desarrollado los virus gigantes de ambos sistemas australes estrategias de adaptación a bajas temperaturas, o sólo los que habitan aguas Antárticas?

Interests

Environmental Virology
Ecology of Extreme Systems
Computational Biology

Education

MSc. en Bioquímica, 2013

Universidad de Chile, Chile

Bioquímica, 2013

Universidad de Chile, Chile

Contact

buscaglia.m@gmail.com

Natali Zamora Bugueño

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi quehacer dentro del laboratorio es que, a través de mi tesis doctoral, se logre determinar y evaluar los efectos del cambio climático sobre la diversidad taxonómica y funcional de las comunidades procariotas presentes en suelos desérticos de todo el mundo a lo largo de una gradiente de temperatura y de aridez. La idea del estudio de las gradientes es emular los posibles escenarios en que se encontraran nuestros suelos en unos años más, debido a los drásticos cambios del clima y la temperatura. Es por esto, que mi investigación ayudará a predecir cómo será el efecto de la temperatura en los próximos años producto del calentamiento global en las comunidades y su función en los ciclos biogeoquímicos de suelos desérticos ya previamente afectados por la aridez y nos permitirá identificar biomarcadores que pudiesen ayudar a predecir cambios la aridez de un suelo producto del cambio climático.
Este estudio se lleva a cabo a partir del análisis de metagenomas extraídos desde las bases de datos públicos de estudios de composición de la estructura microbiana de suelos de desiertos con disponibilidad de la metadata de las condiciones ambientales y climáticas, que serán ordenados en una escala de aridez y una gradiente de temperatura, a los cuales se realizará asignación taxonómica por herramientas bioinformáticas y diferentes análisis de índices de diversidad α y β, mediante el uso de software estadísticos como Rstudio. Además, dentro de mi investigación, realizará el estudio de la diversidad funcional mediante ensambles y co-ensamblajes de metagenomas y adicionalmente, con la ayuda de software bioinformáticos, se realizarán análisis de ensamble de genomas desde los metagenomas (MAGs) de los grupos microbianos más representativos. Por otra parte, para analizar y comparar los diferentes ciclos metabólicos de cada uno de los desiertos y se analizará también el tamaño del genoma y porcentaje de GC dentro del genoma dentro de los organismos procariontes, se determinará la relación bacteria – arquea, y se analizarán las enzimas activas de carbohidratos (“CAZymes”) presentes en condiciones extremas, a partir de la anotación de las secuencias CDS a través del uso de la herramienta dbCAN2.
Finalmente, con el fin de determinar los efectos de la temperatura y la desecación a corto y largo plazo sobre las comunidades de bacterias y arqueas presentes en suelos, se montarán experimentos de microcosmos para analizar diversidad funcional y taxonómica a partir de las técnicas mencionadas anteriormente. Desde el desierto de Atacama (Chile) se extraerán muestras suelos con diferentes niveles de aridez. Dichas muestras serán sometidas a diferentes temperaturas bajo estrés hídrico, para simular eventos de desecación, en un rango de tiempo de dos semanas.

Interests

Microbial Ecology.
Extremophilic bacteria.
Bacterial communities of desert soils.
Data Sciences.
Statistics Software.

Education

MSc.(C) Estadística, 2021

Universidad de Valparaíso, Chile

Bioquímica, 2016

Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile

Contact

natali.zamora@gmail.com

Pablo Vergara

Mon, 17 May 2021 00:00:00 +0000

PhD. Student

About

Mi nombre es Pablo, soy bioquímico y Ph.D(c) en genética molecular y microbiología. A lo largo de mi carrera me he especializado en la biología molecular de organismos fotosintéticos, habiendo trabajado con Arabidopsis thaliana a los inicios de mi carrera, para luego desarrollar mi tesis en la cianobacteria termotolerante Fischerella thermalis y sus procesos fotosintéticos. Recientemente., también he colaborado en la investigación de líquenes y musgos antárticos. Mi investigación se centra en comprender como el metabolismo de F. thermalis se ha adaptado para permitir la actividad fotosintética a altas temperaturas. Para ello, he optado por un enfoque múltiple, realizando estudios moleculares, fisiológicos y bioinformáticos para obtener una visión amplia de este proceso. En lo personal, me aburre abordar los problemas científicos siempre desde la misma perspectiva y busco nuevas formas de afrontar mi investigación, lo que me ha llevado a aprender distintas técnicas y habilidades que van del qPCR y análisis de secuenciación masiva, técnicas para el análisis fisiológico de la fotosíntesis e incluso el uso de plataformas abiertas como Arduino. Pretendo abordar mis interrogantes científicas de una forma multidisciplinaria.

Interests

Photophysiology
Molecular biology of primary producers
Computational biology
DIY Biology/Open-Source equipment

Education

MSc. Bioquímica, 2017

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Bioquímica, 2015

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Contact

pablo.vb@live.cl